एनिमा भी प्राकृतिक चिकित्सा का मुख्य उपचार है, इसमें रोगी के पेट में गुदाद्वार से 1 लीटर गुनगुना पानी जिसमें नींबू नेम नमक या कोई भी औषधीय पदार्थ को डाल कर के 1 लीटर पानी पेट में डाला जाता है और फिर पानी मल के साथ बाहर आ जाता है एनीमा अलग अलग तरीके से किया जाता है छाछ एनीमा, बर्फ एनीमा, नीम एनीमा, नमक एनीमा जैसे अनेक एनिमा का प्रयोग पेट की सफाई के लिए किया जाता है।